Die Werkstatträte sind die zentralen Mitbestimmungsorgane der Mitarbeiter mit Behinderung in den Arbeitsangeboten der Habila. Ihre zentrale Aufgabe ist es, die Interessen und Belange der Mitarbeiter*innen mit Behinderung gegenüber der Leitung vor Ort zu vertreten und geltend zu machen. Zweimal pro Jahr findet ein Treffen aller Werkstatträte in der Habila statt.